PCR

Prometo seguir con los usos de las enzimas de restricción, pero primero quiero explicaros la PCR, pues una técnica muy importante y en muchos casos se usa en lugar de las enzimas... Es una de las técnicas más usadas en biología molecular y se usa para amplificar fragmentos concretos de ADN u obtener más cantidad de ADN cuando tenemos muy poco. PCR son las siglas de Polymerase Chain Reaction (Reaccion en cadena de la Polimerasa). Se llama así porque se basa principalmente en la acción de esta enzima, la polimerasa. La DNA polimerasa es una enzima que, basicamente, lo que hace es crear cadenas de ADN. Pero no lo hace al azar, lo que hace es, usando una cadena de ADN (una cadena sóla, no la doble hélice) va creando la cadena complementaria. Para ello también necesita que primero halla un fragmentito de doble cadena, lo que como vereis nos va a ser muy útil. La enzima más usada es la Taq-Polimerasa, llamada así porque se extrae de una bacteria llamada Thermus aquaticus (que, como su nombre indica, vive en aguas calientes), y que es capaz de funcionar a una alta temperatura (sobre 70ºC) y soportar sin degradarse temperaturas aún mayores. Vale, os explico por qué nos resulta útil que necesite un fragmentito de doble hélice. Si nosotros tenemos un ADN (en doble hélice) y lo sometemos a calor (más de 90ºC, que nadie se asuste), lo que hacemos es desnaturalizarlo (es decir, separar las dos cadenas). Una vez que las tenemos separadas, si bajamos la temperatura las cadenas volveran a unirse, pero si por ahí tenemos unas pequeñas cadenitas complementarias se unirán antes, porque hay menos bases (letras) que aparear. Antes de seguir aquí quiero hacer un inciso, pues aunque para algunos puede ser claro no se si todo el mundo lo sabe; cuando las bases aparean lo hacen de una forma concreta, de modo que las Cs sólo se unen con las Gs y las As sólo se unen con las Ts, por esto es por lo que se habla de cadena complementaria, porque para una secuencia AACT la complementaria (que pondremos justo debajo) será TTGA. De modo que cuándo antes he dicho que la polimerasa coge una cadena como molde para hacer otra lo que hace es que si ve una T pone una A, si ve una A pone una T, si ve una G pone una C y si ve una C pone una A. Una vez aclarado esto (lo siento por los que ya lo supieran) sigo con los fragmentitos. Estos pequeños fragmentos los ponemos nosotros, y se llaman cebadores o primers. Tienen unas 20 bases y se pueden pedir a las empresas con la secuencia que nosotros queramos. Los ponemos en la mezcla y al bajar la temperatura se unirán al ADN que teníamos allí dónde encuentren la secuencia complementaria. De ese modo tenemos una gran molécula de ADN de cadena simple (el que no está en doble hélice) y una pequeña parte de doble cadena. La polimerasa reconocerá esto y se unirá ahí, empezando a formar más cadena complementaria a la que teníamos (también quiero aclarar que la polimerasa sólo crea cadena en una determinada dirección, de manera que sabemos hacia dónde va a crear la nueva cadena. Así que poniendo un primer en cada dirección podemos delimitar la región que queremos amplificar. De esta forma, usando un aparato que llamamos Termociclador, sometemos el ADN a distintas temperaturas para que la cadena se desnaturalice, se unan los primers y luego actúe la polimerasa. Luego otra vez se desnaturaliza, se unen los primers y actúa la polimerasa.... Por eso el aparato se llama termociclador, porque usa ciclos de temperatura. Así obtenemos la misma cadena muchas más veces (aumenta exponencialmente con el número de ciclos) y además sólo de la región que queremos (porque la primera ronda puede que amplifique más, pero luego se va a restirngir a nuestra zona) Este es un vídeo muy bonito que he encontrado en el Youtube sobre la PCR, pero allí podeis encontrar muchos mas, incluido este que tiene los subtítulos en castellano. Me había planteado haceros un vídeo, pero habiendolos tan buenos en la red creo que es tontería, porque seguro que a mi me queda peor... Espero que os haya quedado claro, si no no dudeis en preguntar. Otro día os explico aplicaciones que si no me va a quedar un post muy largo... Lo que si os quiero poner es este vídeo de BioRad... para que veais lo importante que es para nosotros la PCR que le han hecho una canción...

Llegó la nieve

Yo ya creí que me iba a marchar de aquí sin ver mas que un poco de nieve en las aceras... pero nó! Al volver de Nueva York me encontré con todo Madison nevado. Se supone que daban tormenta de nieve, pero yo tampoco lo llamaría así, nevar nevaba pero no era para tanto... Lo que más me impresionó fue ver TODA la calle blanca... hasta las aceras y las carreteras, y la gente andando y conduciendo como si tal cosa.. bueno, como si tal cosa no, que al taxi se le fue un poco el culillo un par de veces.. pero vamos, si cae una así en Madrid no me veo yo a los autobuses en la calle como aquí... Si que os diré que hoy, que anoche ya no nevaba, las calles habían vuelto a la normalidad y habían quitado la nieve de carreteras y aceras (de hecho creo que te multan si no quitas la nieve de la acera de tu casa). Pero la verdad es que fue bonito...

Nueva York

De Nueva York es dificil decir algo que no se haya dicho ya, pero es que es impresionante... La ciudad es bonita, pero la verdad es que lo que más me ha impactado es estar allí (y eso no se puede transmitir con las fotos). La tranquilidad de pasear por Central Park después de haber estado en la vorágine de la 5ª avenida, o Times Square... Eso sí, muchos turistas por todas partes, aunque ya tenía yo ganas de oír el español sin acento latino... y muchiiisima gente, sobre todo en Times Sq y el Rockefeller center... Eso sí, pudimos ver el árbol de navidad, la pista de hielo, y hasta una petición de mano en medio de la pista... un espectáculo. Las vistas desde lo alto del Empire State o del Top on the Rock impresionantes, eso sí, un frio... y es que la temperatura no estaba mal del todo (entre 0 y -6C) pero con el viento que hacía... Si tengo que escoger un edificio me quedo con el Chrisler de todas todas. No será el más alto, pero a mí me parece el más bonito. La Estatua de la Libertad la vimos desde el ferry gratuíto que va a Staten Island (porque no se puede entrar ahora, y para eso mejor no pagar...). La verdad es que me la esperaba más grande... pero es bonita, sobre todo cuándo se piensa en lo que significa y ha significado para muchas personas. El mítico puente de Brooklin también es algo que no puedes dejar de ver... impresiona ir por tu caminito de madera y ver entre las tablas los coches, la playa, o el río... Contaría muchas cosas y pondría muchas fotos, pero me temo que os aburriría así que os dejo con esta vista de la estatua de la libertad que me gusta especialmente.

Arboretum

Este fin de semana era largo y tocaba hacer un poco de turismo, así que fuimos al Arboretum de la UW (university of Wisconsin). Es un sitio que tienen para refugio de aves nativas. Está bastante bien, lo tienen preparado para hacer esquí de fondo en invierno, pero cuándo no es invierno también se dan paseos placenteros. De entre las cosas mas curiosas o divertidas destaco 3: - Vimos pavos salvajes!! (o silvestres... nunca sé cómo traducir "wild"). Eran enormes... yo no creí que los no cebados fueran tan grandes... Además me dijeron que, aunque no les gusta, vuelan. Madre mía, con la tripota que tienen y lo grandes que son... yo creí que eran como las gallinas, que no vuelan.. - El lago estaba helado!! Vale que no es el lago más grande de Mádison, pero impresiona ver un lago (que es grande) con toda la superficie helada. Aún no se puede andar encima pero con el tiempo que esta haciendo dentro de poco se podrá. - La curiosa manera que tienen de controlar al Álamo temblón. Tienen praderas que quieren conservar como tal y el álamo temblón es muy invasivo. Normalmente a los árboles se les controla con fuego, pero por el peculiar sistema de raíces que tiene el álamo esto sólo les hace crecer más. De modo que lo que hacen es quitarle la corteza en un aro todo alrededor. Al quitarles la corteza te llevas con ello los vasos del floema que están activos ese año (el floema son los vasos que llevan los nutrientes desde las hojas hasta el resto de la planta), de forma que las raíces no reciben nutrientes y el árbol muere. En fin, un sitio que merece la pena.

Thanksgivings

Como todos me habíais dicho tanto sobre que os tenía que contar del día del pavo y tal he hecho los deberes, y no he ido a una cena... HE IDO A DOS!! Madre mía mi pobre estómago. Para ser honesta en la segunda casa apenas comí... no debería haber comido, pero es que tenía todo una pinta... Me plantan delante un salmón de más de medio metro hecho a la brasa... y claro, yo que llevo sin comer pescado una eternidad... Bueno que me lio, os cuento. Primero fuimos a la casa del jefe de una amiga. Sí, cosa rara, pero le debe gustar invitar a los extranjeros para que conozcan como es thanksgivings y me invitó también a mí. La verdad es que genial, todo con una presentación increible y con cartelitos para que supieramos lo que era cada cosa. La "cena" fue como a las 2 y pico de la tarde, así que más que cena fue comida.. Pero, además de un pavo de más de 12kg, había relleno de dos tipos (para vegetarianos y no), que nó sé por qué lo traducen como relleno si no lo meten en el pavo, aquí es "Dressing". También había puré de patatas, puré de patatas dulces con malvavisco, calabacin de espaguetti (creo que es como la calabaza de hacer cabello de ángel pero cocinado de otra forma), dos tipos de salsa de arándanos, otro tipo de calabaza... seguro que me dejo algo. Y luego los postres: tarta de calabaza (buenísima por cierto), tarta de manzana, tarta de coco, tarta de zanahoria y "madeleines" que es una especie de bizcochos franceses que hicimos mi amiga (que es francesa) y yo para llevar. El caso... hasta las cejas... Nos explicó que lo típico, al menos en su casa, es eso, juntarse con la familia y amigos al mediodía, comer, luego estar charlando tomando café (al fín un café bueno, por cierto), ver el partido de futbol (americano) y volver a comer... Pero vamos, que tienen sobras para una semana. Y lo del sandwich de pavo para comer en el trabajo el viernes también es típico (lo digo por los fans de Friends.. ya sabrán a qué me refiero). En fin, que por si no fuera poco Sylvie (la francesa) me dijo que la dueña de su casa organizaba cena con más gente del laboratorio y que fuera yo también despues... pues llegamos justo cuándo iban a trinchar el pavo y empezar a comer. En esta casa no os puedo decir todo lo que había porque creo que ni lo vi todo... pero vamos... pavo, salmón, patatas asadas, esparragos trigueros, paté de pescado... y mas cosas que no se qué eran... Y de postres ni os cuento que creo que ya os estoy poniendo los dientes bastante largos. La verdad es que me lo pasé muy bien, ya le estoy cogiendo el tranquillo a esto de entender el inglés con jaleo de fondo... Bueno, se despide hasta prontito la enviada especial a los estados juntitos... Os dejo con esta divertida imagen... a mi me hizo reir.

Enzimas de restricción

Las enzimas de restricción son uno de los productos más empleados en genética actualmente. Son enzimas que reconocen una determinada secuencia de ADN (secuencias cortas 4-10 nt más o menos) y la cortan. Siempre reconocen la misma secuencia y siempre la cortan en el mismo sitio y de la misma forma. La mayoría de ellas son muy específicas, de modo que si en la secuencia cambia una sola base (letra) ya no la reconocen y no la cortan.

Las enzimas de restricción se extraen de bacterias, que las usan para defenderse de invasiones de ADN externo como los virus. Lo que sucede es que cada especie de bacteria tiene “preferencia” por tener en su genoma determinados tipos de secuencias. De manera que si entra en su citoplasma un ADN de otra especie tendrá “preferencia” por otras secuencias distintas. De forma que la bacteria tiene una enzima que corta el ADN en una secuencia que ella no posee, pero el ADN de otras especies sí lo tendrá, así que cuando entre lo cortará y ya no será un peligro.

En genética se aprovechan estas enzimas para cortar el ADN en zonas que queremos. De modo que podemos usarlas para cortar un plásmido y ponerle ahí la secuencia que nos interesa (los plásmidos se les meten a las bacterias cuándo queremos que conserven o amplifiquen por nosotros un fragmento de ADN), para hacer pruebas de ADN, para secuenciar…. Por nombrar sólo algunas de las aplicaciones.

¿Que cómo se pueden usar para estas otras cosas? Pues básicamente haciendo geles. A ver, os voy a poner un ejemplo que si no seguro que me lío y no me explico bien. Por ejemplo para identificar criminales cómo hacen en el CSI; cada persona tiene una secuencia de ADN única. Es similar a la del resto en cuanto a los genes que tienes y el orden y demás, pero hay pequeñas variaciones que al final acaban siendo un montón de variaciones (sólo son iguales los ADNs de los gemelos idénticos, y aún así no 100%). Si se usa un coktail de enzimas al final habrá muchos sitios en los que corten, y esos cortes no serán los mismos en dos personas distintas. Lo que hacen/hacemos es poner esos trozos de DNA en un gel de agarosa y separarlos por tamaño. La agarosa es un compuesto que crea una red tridimensional (al hacer el gel se dejan unos huecos o “pocillos” para poner la muestra), de modo que cuándo los fragmentos que se ponen tienen que atravesarla los trozos más pequeños se engancharán menos en la red y pasarán más deprisa. ¿Y qué se usa para hacer pasar el ADN? Pues electricidad. Los fragmentos de ADN tienen carga negativa, de modo que se someten a un campo eléctrico y correrán hacia el polo positivo. De esta forma se separan los distintos tamaños de ADN, que se ven como bandas, y cómo cada persona tiene unos fragmentos distintos cada persona tiene un patrón de bandas diferente. De modo que si en el lugar delito se ha encontrado un ADN que, comparando con el patrón de bandas de la víctima se sabe que no es suyo, posiblemente sea del delincuente (eso ya es cuestión policiaca). El caso es que si se compara el patrón de ADN de los sospechosos con el del delincuente que se encontró en la escena del crimen se puede ver si algún patrón coincide, y si es así… ya se puede ver en la cárcel.

Si la muestra marcada como E(vs) es la que se encontró en la escena del crimen ¿cuál creeis que es el criminal?¿el Sujeto1 o el Sujeto2?

Bueno, creo que por un día es bastante información, pero si el tema os interesa y quereis que os cuente cómo se usa para secuenciar o identificar enfermedades, o que profundice más en algo hacedmelo saber en los comentarios y pongo otra entrada.

Milagros

Me he encontrado esto por internet y no me resito a ponerlo aquí... me ha encantado.

Adornos navideños

El otro día, en un gran centro comercial de estos que tienen aquí, no pude resistirme a echarle un vistazo a los adornos navideños. La verdad es que en los comercios los tienen a la venta desde hace bastante tiempo, y en los escaparates desde que quitaron los de halloween. No me extraña que se vuelvan locos decorando, y es que hay algunos que son una verdadera pasada. Además me parecen super baratos. El winnie de pooh que tengo en la foto es de peluche pero se tiene en pié, y costaba sólo 15 $. ¡¡15$!! ¡Si un peluche de ese tamaño y encima de un personaje de Disney te puede costar mínimo 30 euros!! Las bolas de navidad de cristal, que son más caras que las típicas de plástico, a 1$... vamos que yo así también pondría la casa decorada hasta el tejado. Pero lo que más gracia me hizo fué este perro. Le sacamos un vídeo así que vedlo, por favor, porque yo me partía de la risa.

Arte fluorescente

Quería estrenar la imagen del blog con algo digno de mención. Pensaba hacer una entrada de las que suelo etiquetar como "enseñanzas", pero no sabía muy bien de qué y buscando me he encontrado con esta foto en el Museo de la ciencia, y me he dicho "Pero qué friki!!, esto tiene que ir al blog" (si, hablo conmigo misma, es una de las secuelas de pasar tanto tiempo sóla en el laboratorio). Así que aquí lo teneis, algún friki se ha entretenido haciendo un dibujo a base de cultivar en una placa de petri bacterias que expresan distintas proteinas fluorescentes. Jamás se me habría ocurrido...

Queeesoooo!

Señores, hoy soy felíz. Porque ayer encontré en una tienda queso español. Cuando lo he dicho a los americanos del laboratorio casi me matan, porque se supone que esta es tierra de quesos y tienen muchos tipos de queso y demas.... Mentira! tienen un queso y le ponen dentro cosas y dicen que es distinto. Además aquí todo el queso es de este sin curar, cómo el suizo o el queso de bola. Te lo venden en paquetes que no sabes si eso ha tenido corteza o no. Aquí un ejemplo. En fin, que dónde esté un queso español... o frances, ya me da igual. No voy a hablar más de las delicias de nuestro queso porque empiezo a salivar y mal. El caso es que encontré queso manchego, y del curado. Y también queso de Valdeón!!! Eso si me sorprendió, encontrarme por estos lares un queso de León! Total, que ya soy feliz. Si ahora fuera capaz de encontrar un jamón serrano en condiciones... Y es que que me perdonen los italianos pero aquí solo encuentro "prosciutto" y mas que a jamón sabe a sal y punto. No se si todos los jamones italianos serán igual pero... dónde esté un jamón español... de Teruel o del Sur, me da igual...

Farmer´s Market

Bueno, os voy a explicar mejor lo que es el mercado de los granjeros y sobre todo contaros las cosas raras que ahí he descubierto. Todos los sábados de buen tiempo (por desgracia este sábado ya es el último, que luego se supone que hace mucho frío), en el loop que rodea al capitolio (el edificio blanco ese de la cúpula) se pone el mercado de los granjeros o Farmer´s Market. Allí puedes encontrar sobre todo verduras y hortalizas (unas orgánicas y otras supongo que no porque no especifica), pero también bollería, pan (aunque nada que ver con el pan europeo), queso (que dicen que Wisconsin es tierra de queso), pasta... y algunos puestos de artesanía también. Es un buen plan para el sábado por la mañana y los precios de algunas cosas no están mal. Además en ocasiones es bonito ver todas las patatas, los pimientos, las calabazas o el maíz.... Pero sobre todo quiero enseñaros algunas verduras que yo no conocía, igual alguno de vosotros sí, pero me han resultado curiosas: Las patatas azules: aquí las teneis, por fuera son oscuras y si les quitas la tierra son moradas, pero lo más increible es que son azules por dentro también!!! Bueno, quien dice azules dice moradas, y al hervirlas dejan el agua verde... es una cosa muy rara pero están buenas. La verdad es que no sé la razón de su color, porque las hay rojas y amarillas, pero sólo por fuera, es la primera vez que las veo con color en el interior. Los pimientos de chocolate: son estos pimientines marrones que teneis aquí (en la realidad se ven ciertamente color chocolate). No los he probado pero dicen que saben dulces. Las coliflores moradas: aquí las teneis junto al brocoli romanescu (este también es raro pero ya lo había visto en España). No son moradas sólo en la superficie, todo por dentro, lo que en las otras coliflores es blanco, es morado en estas. También las tengo pendientes de probar pero espero que caigan este fin de semana.La naranja de Osange: o algo así... Esta no se come, no os asusteis, pero es un repelente natural de los insectos... Yo nunca la había visto pero ha sido verla en el mercado y ahora me la encuentro en los juegos de ordenador estos de buscar objetos en habitaciones desordenadas... Casualidad? será que antes no sabía lo que era... Bueno, de momento eso es todo lo raro que he visto en el mercado, pero quería poneros también esta foto de los maices con los granos de colores (que a mi siempre que las veo me recuerdan a las prácticas de genética) y esas mini-mazorquitas moradas que tan graciosas me parecieron. Espero que os guste y ya me contareis si conocíais algo de esto antes.