Colorantes fluorescentes

Hay muchos tipos de colorantes fluorescentes. En general para que una molécula tenga fluorescencia tiene que tener una estructura con anillos aromáticos de manera que los electrones resuenen en ella. Según la cantidad de electrones resonantes fluorescerá en un color o en otro. Esto es así porque cuando la molécula recibe luz los electrones absorben energía y se excitan, y en estas moléculas al volver a su orbital normal emiten la energía como luz y no sólo como calor. Bueno, toda esta parrafada la entienden muy bien los químicos o los físicos, pero la verdad es que para el resto de los mortales no es algo tan claro así que voy a hablar más llanamente. Son moléculas que tú excitas con una luz de determinado color y luego ellas emiten luz de otro color. Son muchas las que se usan, y cada vez inventan más, pero voy a hablar de las que se usan para unirse al ADN. Son moléculas que por sus propiedades tienen afinidad por el ADN, de manera que se emplean para detectarlo. Por ejemplo, yo las uso en la FISH para ver todo el cromosoma entero, y así saber en qué zona está situada mi sonda. En FISH el colorante más utilizado actualmente es el DAPI (4',6-diamidino-2-fenilindol) que se une a la doble hélice metiendose en el medio del canal menor (otro día os cuento la estructura de la doble hélice para que entendais bien lo del canal mayor y el canal menor). Este fluorocromo pinta de azul los cromosomas cuando se los ilumina con luz UV. En la foto veis un gusano (Caenorhabditis elegans) teñido con DAPI y los núcleos de sus células fluorescen. Antes se usaba el Hoechst 33342 o 33258, que es similar. Tiene el mísmo método de unión al ADN y también se ve azul, aunque algo más clarito. La verdad es que no sé por qué se dejo de usar y ahora se usa el DAPI, pero cuando miras artículos de FISH siempre usan el DAPI. Otro de los colorantes que más se usan en genética y que probablemente os sonará más es el Bromuro de Etidio, este colorante es distinto tanto en su uso como en su unión al ADN. Lo que hace es meterse entre los pares de bases (los peldaños de la escalera de caracol que sería la doble hélice de ADN) como veis en el dibujo (en el que por cierto también explica con que es el canal o surco mayor y el canal o surco menor). El uso que le damos a este tinte es principalmente para teñir los geles de agarosa. Estos geles se usan para separar el ADN que hemos fragmentado o amplificado según su tamaño. De modo que como el bromuro se une al ADN cuando iluminamos el gel con luz UV vemos bandas fluorescentes en las zonas donde hay ADN, y así podemos localizarlo. Bueno, espero no haber ido muy deprisa pero tampoco quería enrollarme mucho, puesto que cuanto más me enrolle más entro en temas complicados, pero ya sabeis que podeis pedirme que explique más en profundidad cualquiera de estas cosas. Yo esta semana me voy a un curso, pero espero que mientras tanto esta entrada no os sepa a poco y cuando vuelva me pondré a preparar una nueva. Acepto propuestas para el tema, si no tendreis que ateneros a lo que se me ocurra. Hasta pronto

Paradoja del centrómero

Hoy, buscando información para una presentación que tengo que hacer la semana que viene, he encontrado una página en la que me ha encantado cómo hablaban sobre la llamada "paradoja del centrómero". En principio había pensado copiar lo que ponía pero es mejor que entreis a verlo vosotros. Y ya sabeis que podeis preguntarme si algo no lo entendeis... En esta paradoja se basa un poco mi tesis, puesto que gracias a que los centrómeros de cada especie son distintos hay especies de las que aún no se conocen.. y yo puedo estudiarlos.. jajaja... Estoy buscando algo interesante que contar sobre los colorantes, la verdad es que son un poco aburridos, pero ya que es una petición intentaré sacar una buena entrada de ellos.. Hasta pronto

FISH

Hoy os voy a explicar cómo lo hago para pintar los cromosomas de colores. La técnica que uso es la hibridación in situ fluorescente (FISH). Se llama in situ porque se hace en el portaobjetos, dónde se pegan las células en división. Lo que se hace es someterla a calor, para abrir la doble cadena de ADN, y entonces se junta con la sonda. La sonda es la secuencia de ADN que queremos localizar, que la hemos construido usando nucleótidos (las letritas del ADN) que están marcadas con molélulas fluorescentes. Cuando ponemos el ADN abierto en contacto con la sonda, como es más pequeña se une antes que la propia cadena, y así el cromosoma queda marcado. De manera que puedo poner sondas marcadas en rojo, y marcadas en verde. Luego, con un producto que se llama DAPI, pinto los cromosomas en azul. En el microscopio se ve cada color por separado pero con el Adobe Photoshop se superponen y así se ven los cromosomas marcados.